La rébellion qui commença par un livre de comptes, et les boulets de canon payés par des privilèges
La rébellion n'a pas commencé par le sabre, mais par un livre de comptes. Sous le règne d'un daimyō qui aurait déclaré son domaine de 40 000 koku comme en valant 100 000, le taux d'imposition a doublé. Les corps de ceux qui ne pouvaient pas payer étaient soumis à la torture, et pour réprimer le soulèvement qui s'ensuivit, des boulets de canon étrangers furent tirés depuis la mer.

La rébellion commença par un livre de comptes
La rébellion n'a pas commencé par le sabre, mais par un livre de comptes. En 1616, Matsukura Shigemasa entra à Shimabara avec un fief de 40 000 koku. Cependant, Shigemasa construisit le nouveau château de Shimabara avec son donjon de quatre étages, participa à la construction du château d'Edo et se prépara même à envahir Luzon. Ces dépenses, bien au-delà des moyens d'un daimyō de 40 000 koku, retombèrent sur les habitants de son domaine sous forme d'impôts fonciers et de corvées.
On raconte que Shigemasa déclara son domaine, qui était en réalité d'environ 40 000 koku, comme en valant 100 000. Il en allait de même pour Amakusa, où l'évaluation officielle en koku aurait été environ la moitié de la réalité. Les registres cadastraux eux-mêmes n'ont pas survécu. Néanmoins, le jour où les chiffres dans les livres de comptes furent doublés, le taux d'imposition doubla.
Les impôts impayés payés avec le corps
Le clan Matsukura n'allégeait pas les impôts, même les années de mauvaise récolte. Ceux qui ne pouvaient pas payer étaient jetés dans des prisons d'eau, submergés jusqu'au cou dans l'eau glacée de l'hiver. Une forme de torture consistant à vêtir une personne d'un imperméable de paille et à y mettre le feu était appelée minoodori, ou « danse du manteau de paille ». Cette scène fut consignée par Duarte Correa, un Portugais résidant à Nagasaki.
Bien que les détails diffèrent, des descriptions de ce régime sévère subsistent également dans le journal du chef du comptoir hollandais, Nicolaes Couckebacker, et dans le 'Nabeshima Katsushige Kōfu'. Ce que ces différentes sources rapportent de manière concordante, c'est le fait que les impôts impayés se payaient avec le corps. Le corps de ceux qui ne pouvaient pas payer devenait la garantie de leurs impôts. Le shogunat commença à frapper les pièces de monnaie nationales Kan'ei Tsūhō l'année précédant cette rébellion.
Assiégés dans des ruines
Le 25e jour du 10e mois de l'an 14 de l'ère Kan'ei (1637), les fidèles chrétiens du village d'Arima attaquèrent le bureau du magistrat et le tuèrent. Un garçon d'environ seize ans, Masuda Shirō Tokisada, connu sous le nom d'Amakusa Shirō, fut nommé commandant en chef. L'armée était en réalité dirigée par des rōnins, anciens vassaux des clans Konishi et Arima, et par des chefs de village. Cette rébellion ne peut s'expliquer uniquement par la foi ou les impôts ; la théorie selon laquelle il s'agissait d'un soulèvement paysan est aujourd'hui plus fortement soutenue.
Quelque 37 000 personnes se barricadèrent dans les ruines du château de Hara, un château qui avait été démantelé vers 1616 en vertu de la loi « une province, un château ». Le shogunat envoya une armée de plus de 120 000 hommes, et le commandant, Itakura Shigemasa, fut tué au combat en menant un assaut général. Son remplaçant, Matsudaira Nobutsuna, cessa les attaques et choisit de les affamer. Le cœur de la bataille était la logistique.
Le prix des boulets de canon
Une aide inattendue arriva au camp du shogunat. À la demande du magistrat de Nagasaki, le chef du comptoir hollandais Couckebacker envoya le navire De Ryp au large de Shimabara et tira des boulets de canon sur le château de Hara. Pour les Hollandais protestants, c'était l'occasion de chasser leurs rivaux catholiques, le Portugal et l'Espagne, du marché japonais.
Le prix des boulets de canon utilisés pour réprimer la foi fut payé avec des droits sur le commerce de la soie grège. L'année suivante, en 1639, l'arrivée des navires portugais fut interdite, et en 1641, le comptoir hollandais fut déplacé à Dejima. Cependant, ce bombardement ne provoqua pas la chute du château. Son efficacité fut limitée, et on raconte qu'il fut tourné en dérision — « N'est-il pas honteux de demander de l'aide à un pays étranger ? » — ce qui suscita des dissensions au sein du shogunat et son interruption. Après un siège de trois mois, le château tomba le 28e jour du 2e mois. Le nombre de morts varie considérablement selon les sources historiques : le 'Shimabara Ki' en mentionne 1 130, l''Arima Ikken' 2 800, et le journal du chef du comptoir hollandais en enregistre 5 712.
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